Permanent Head Damage to be...

看似寻常最奇崛,成如容易却艰辛。在暨大工作了几年,发几篇小文章,觉得要找个地方读PhD,是件手到擒来的事,结果却花了整整一年的时间,事实证明像我这样的科研屌丝男,举步唯艰啊。

去年7月份就开始在计划这个事情,我几乎想都没想就联系了计算生物所的JD Han,紧接着就是面试,第一次尝试用英文去讲slides,从早上10点讲到中午12点。感觉还好吧,因为有听到Han说impressive,而她的学生又说经常看我blog。看上去还是蛮顺利的,然而最终reject了我,而且没有给我任何原因。

我去上海是非常低姿态的,说要面试,我就飞过去,当时想要是面试OK了,可能会让我留下来先了解一下正在进行的project,所以没有听老婆的话买返程票,结果从上海回广州,就变成了人在囧途,买不到火车票,就去南昌转车,结果遇到两趟车都是慢车,无空调,还无座。这个事情教会了我,不能太低姿态。

我一直在想为什么会去上海,为什么会联系Han,或许是心理学上所谓的契可尼效应,俗称偷不如偷不着,当年考上生没中,心中依然有执念?我自认为早已释然,but maybe..,至于Han,我在研一的时候,去北大听过她的讲座,被系统生物学这个概念忽悠了,可能因此内心抱有幻想。

被reject了,我心中其实也是松了一口气,家人都觉得我跑上海太远,我也不想跑这么远,也希望能够照顾到家里,主要是广州没什么人做生信。

如果没被reject,我回头想想,也不理想,我在讲slide的时候,讲到SVM,Han看到时,以惊讶的语气问我,是我写的吗,在得到我的肯定之后,她讲了句impressive,可以看出,她欠缺这方面的能力,而我希望在PhD阶段,加强这方面的训练。

我非常care家人的看法,被reject之后,就决定待广州,给中大的人写邮件,几乎只要和生信沾边的,我就联系。结果我只收到XL He的回复,说no open position。就我个人接触到的小样本来看,我觉得中大的人,特别自我感觉良好。ANYWAY,这让我感觉要找个地方读博,很难!

到了9月,深圳先进院的FF Zhou在LinkedIn上follow了我,于是我问他,招不招在职PhD,然后又去深圳讲了一次slides,Zhou说只要他有一个名额就肯定会给我,但还不确定是否有名额。不过我不喜欢多手准备,起码双方都觉得OK,那我就把鸡蛋放在他的篮子里。

10月,同学告诉我科学城的健康院在招做生信的人,于是我就联系了DQ Pei,结果是GJ Pan联系了我,在达成意向之后,我就告诉深圳的Zhou说我要去健康院,接着就一直在科学城当免费劳动力,几个月的时间下来,让我看清了中科院的面目,这帮人自我感觉不是一般的良好,你要去读书,好像得求着他似的,而且不断给你营造一堆人在排队求着他呢。

经历了计生所之后,我已经不低姿态了,我先和Pan谈好我要读在职。然而随着时间的推移,Pan不断地在加码,最初忽悠我跳槽;我拒绝之后,不断说很难考,我可能会考不上;再后来就说名额有限,先在他那里干一年,下一年再读博,我严厉拒绝,不行就走人,没得商量;等到我报了名之后,临考前又跟我讲,入学要跟我签协议。我感觉到非常之不爽,最主要是觉得此人没有信用,以后共事的话,很麻烦,我已经看到这是个坑了,就不会往下跳!但我依然要去考,之前一直说我考不上,我必然要拿到录取通知书,再去reject他们,到了复试的时候,刚好有事回家,就没去,想想也是好的,占个名额最后不去也不好,名额留给别人,大家都不容易。

3月,在豆瓣的生信小组上看到MJ Fullwood实验室招post-doc的信息,明显是人少钱多速来,我就询问是否有PhD program,那时候NUS申请的deadline已经过了近一个月,Fullwood联系研院的人,重新打开系统,让我提交材料。4月1号出结果,我被reject,原因是GRE成绩太差,那是我08年考的。

联系Fullwood主要是因为我对中科院很失望,想试一下投个简历得到别人的认可,同时也有寻求机会的一丝希望,但内心并不坚定。投NUS的时候,老婆非常支持,还一起规划要玩遍东南亚。于是我就坚定了,就有动力了。

4月1号被reject之后,我上NATURE JOB上看招聘信息,当天我就联系了UQ和HKU,最终两个学校都给了我OFFER,老婆说好像突然小宇宙爆发了,我觉得出国对我来说,更容易。

4月2号的早上就收到了Peter Visscher的回信,约好了SKYPE的时间,当时使用联通的3G卡上网,不给力啊,带宽不够,带着电脑跑去西餐中的大排档绿茵阁,对方说背景太吵,于是约了第二天电话。聊了半个小时电话,达成意向,开始走学校的流程,很快UQ就给了我CONDITIONAL OFFER,但是UQ非常龟毛,成绩单不能自己寄,我只能花钱让中介寄;学位要认证,我又得花钱去搞。还有我没有TOEFL成绩。

因为没有出国的打算,没有事先准备好英语成绩,5月11号我才去考了次TOEFL,只有睡前听听科学美国人60秒播报,磨磨耳朵而已,基本属于裸考,只考了88分,UQ要求90分,后来决定去HKU,也就没必要去刷TOEFL了。

Peter的实验室是做统计的,实力非常强,钱又非常多,光post-doc就有16个,我本来是准备去UQ的,但后来和HKU的老板SKYPE之后,互相感觉更合拍,于是我就选择了HKU,本来意向是UQ,申请HKU是因为被NUS拒了,觉得申多个保险点,结果歪打正着,HKU才是我的菜。去香港也符合最初希望离家近一点的想法,正所谓不忘初心,方得始终。

在这一年的时间里,老婆的支持是最重要的。感谢Angela KrackhardtLaurent Gatto帮我写推荐信,Laurent还邀请我去剑桥大学,一度让我觉得HKU鸡肋。

PS:半夜写这篇博文的时候,有两只萤火虫飞到我的台面上。我第一次如此近距离地观察萤火虫。

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58 Comments.

  1. 我也是抱着对生信的无限热情,最后当了个码工。

    国内的计算所应该是国内一流的吧,生源是不愁的。国外你申请的学校水平反而次一些,再者国外学生不像国内的学生那么在乎学位。所以,你申请国外的学校反而容易。

    作为一个loser,我的建议就是不要去跳生信的坑。招偏应用的方向的工作(纯码工,或者搞数据)。

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    我不觉得我申请的学校水平比计生所次,再者我觉得学校水平并不重要,重要的是你的老板。

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    Tong Chao China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    :razz: agree

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  2. Laurent是位好同志,前些天刚见到他

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    是的,他知道我在申PHD后,还转发些EBI-STAFF mailing-list上招PHD的邮件给我,非常NICE

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  3. 恭喜你!
    这背后的故事让我想起当初找工作的经历。
    加油!

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    说来听听 :mrgreen:

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  4. 哎,可惜Y叔去了更好的地方,如果来我们这里一定可以大显身手,不过也可能大材小用了吧,之前与Y叔有类似的经历,所以里面的人都太熟悉,anyway,祝福Y叔,加油!

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    里面是指SYSU?

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    lily China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    not only, 有机会一起八一下 :mrgreen:

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  5. 中大的那个He是谁啊,我怎么记不得有这一个人。 中科院么,呵呵后。原来pei这么大牌。没来NUS可惜了,出国的话,英语成绩是死条件: (

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    可能他去中大,你已经离开了吧。

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  6. 恭喜恭喜,常看你博客。你是不是要求在职呀?也许是因为中科院的老师不喜欢在职吧!

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    是的啊,但事先谈好了,然后从去年10月一直帮他们在做事的。不喜欢是一回事,没信用是另一回事。

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    hytj China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    和你还真有段时间重合在siat呢,煮意坊、八分饱。。哈哈

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    我们认识么?

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  7. 恭喜博主。。。过程很曲折,结果还是拿到了满意的offer。。。
    SYSU的XL He可能确实不缺生源,我得到的回复和你一样。
    科学城那个院他们做干细胞的,我估计他们招的bioinformatics主要就是做genome alignment吧。博主在那里确实屈才。
    哈,看完博客,感觉经历好相似,我也曾满腔热情,从广州到北京、到香港,不过最后没拿到offer。
    祝顺利。。。

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    科学城就是去给他们当技术员 :evil:
    其实没有任何吸引我的地方,当时只是想留广州而已。

    我住市区,跑科学城,真心远啊,还不如去香港 :mrgreen:

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  8. = 3 =

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    :twisted:

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  9. 大叔,我已经认识你有6年了吧,虽然从来没见过你,但也见证了你申请求职就业结婚生子再申请再读的过程了吧。
    哈哈哈,殊途同归,没想到我们又从网上到广州到香港撞到一个地方了。
    看到你的经历,一直都蛮曲折,不过你也愈挫愈勇很坚韧。记得你以前考研的故事也是这样,天将降大任于斯人也~~~
    申博的过程曲折,但是读博的更是,不过好的开始是成功的一半~~~

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    我也不知道为什么每次都曲折 :mrgreen:

    你都快毕业了吧?

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    Safina Hong Kong Unknow Browser Unknow Os Reply:

    哪有那么快,9月开始Year 2……话说你的publication好多啊……有来城大记得找我…… :grin:
    你的UQ是哪个学校?不会是Queensland吧?话说我当时也是拒了澳洲那个macquarie留香港的。如果是的话,你我真有缘……

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    果断是啊,u of queensland

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    zjuwhw China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    为什么拒UQ呀?我看他们实验室很好耶,而且钱很多!

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    是的,所以当时我也有考虑UQ的。HKU不比UQ差,离家还近 :)

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  10. 总归在辗转过后会有好的结果,上次跟你谈论出国读研等等还是在10年前后,我庆幸没有放弃,几经周折达到想要的结果。加油吧〜

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    你在合肥那会,怎么可能是10年前后!这算得差距有点大。

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  11. Y兄,恭喜啦。 :smile:

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    :cool:

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  12. 我在linkedin上加你了,觉得你的背景非常强啊。你说的这些人我基本都知道。去国外是对的!

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    已经互follow了 :wink:

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  13. 哈哈 欢迎来港~~~

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    握爪~ :mrgreen:

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  14. 我去 仔细看了评论才发现,大家都拒了UQ,好惨。。。。 听说那里大农村太恐怖,于是我就从了香港啊啊啊啊 啊

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    我怎么听说海滨城市很爽,澳洲人少确实挺恐怖。

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  15. 没想到这么曲折,更没想到国内做科研的人里奇葩这么多。。

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    PAN是最奇葩的,我在他那里待了半年时间,竟然还跟我说先干一年,第二年再考。总是一副一堆人排队在求他的样子,其实他一直招不到做生信的。

    又要马儿跑,又要马儿不吃草。 :shock:

    Reply

  16. 从你的blog和开发的package里学到了很多R语言和bioinformatics的东西,恭喜+祝早日毕业

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    :wink:

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  17. Come on Uncle Y
    Sorry I can not type in Chinese~~
    Wish u good luck~:)

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    ygc China Unknow Browser Unknow Os Reply:

    I am OK with 鸟语 :mrgreen:

    Reply

  18. Y叔的经历有指导意义,涨知识了。以后还有好多问题讨教Y叔了。有机会再去HKU找你吹水。
    祝好。

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    ygc Hong Kong Unknow Browser Unknow Os Reply:

    歡迎來HKU玩。你還在華大吧?

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  19. 国内的生信的科研环境咋样啊,在海外读完博士之后呢?回来有土壤吗?

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    ygc Hong Kong Unknow Browser Unknow Os Reply:

    这个没法回答,只能说各显神通吧 :mrgreen:

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    ygc Hong Kong Unknow Browser Unknow Os Reply:

    话说你是Fullwood实验室的? :shock:

    Reply

  20. 新手来膜拜~不知道怎么联系你,有个问题无论clusterprofiler还是reactomepa在做enrichKEGG和enrichPathway都没有结果,出来是0 rows和8 columns的东西。但是做enrichGO又很好没有问题~困惑,可以的话能回我kaji331@hotmail.com吗?

    Reply

    ygc Hong Kong Mozilla Firefox Ubuntu Linux Reply:

    请移步http://ygc.name/2012/05/07/clusterprofiler-package-comparing-biological-themes-gene-clusters/

    你的问题已经有人问了。GO的注释是最全面的,reactome还不够,现在才几千个蛋白被注释而已,而KEGG的数据比较老了,由于现在KEGG ftp是收费的,没法更新。

    你可以设pvalueCutoff=1, qvalueCutoff=1, 不卡值,并设minGSSize = 1,不卡基因集大小,肯定是出来东西的,你起码可以看到注释信息,如果你感兴趣的话。

    Reply

    kaji331 China Mozilla Firefox Ubuntu Linux Reply:

    谢谢,目前用GeneAnswer包还可以分析KEGG,本来想和clusterProfiler来对比的

    Reply

    ygc Hong Kong Mozilla Firefox Ubuntu Linux Reply:

    对比结果怎么样?

    Reply

    kaji331 China Mozilla Firefox Ubuntu Linux Reply:

    KEGG有部分差别,reactome和KEGG就差别大了

    Reply

    ygc Hong Kong Mozilla Firefox Mac OS Reply:

    誰的p值大?相信p值大的 :mrgreen:

    Reply

    kaji331 China Mozilla Firefox Ubuntu Linux Reply:

    嘛~clusterProfiler和ReactomePA都是pvalue和qvalue的cutoff设为1的,minGSize也是1,GeneAnswers做KEGG的pvalue为0.05

    Reply

    ygc Hong Kong Mozilla Firefox Mac OS Reply:

    然後相同pathway的p值分佈怎樣?

    Reply

    kaji331 China Mozilla Firefox Ubuntu Linux Reply:

    http://yunpan.cn/QagHDRSSncdxh (提取码:249a)
    一个图片文件,内容是GeneAnswers包和clusterProfiler的KEGG富集相同的通路和对应的pvalue,其中GeneAnswers只提供了pvalue,不知道是否经过了ajustment

    ygc Hong Kong Mozilla Firefox Mac OS Reply:

    以我的測試,不可能有這麼大的差別,請移步http://ygc.name/2014/08/07/why-clusterprofiler-fails/,有問題也轉過來,不要歪了這個blog文 :mrgreen:

  21. why clusterProfiler fails | YGC United States WordPress Unknow Os - pingback on August 7, 2014 at 1:48 pm

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